2026年1月、日EU・EPAの運用において、原産地証明の完全な電子化（PDF運用）への移行が改めて確認されました。これは、単に紙を使わなくてもよいという許可ではなく、デジタルデータこそが正本であるというルールの最終確定を意味します。
多くの日本企業は、いまだに紙のインボイスにハンコを押し、それをスキャンして送るというハイブリッドな運用を続けています。しかし、今回の再確認により、そうしたアナログな慣習は非効率なだけでなく、コンプライアンス上のリスク要因となることが明確になりました。
本記事では、このニュースが示唆する実務の変化と、企業が今すぐ見直すべき証明書管理のあり方について深掘り解説します。
なぜ今、再確認が必要なのか。紙神話の完全な崩壊
日EU・EPAは発効当初から、輸出者が自ら原産性を証明する自己申告制度を採用しており、制度上は原産地証明書（Certificate of Origin）という公的な紙の書類は存在しません。
しかし、実務の現場では混乱が続いていました。インボイスなどの商業書類に原産地申告文（Statement on Origin）を記載する際、直筆署名は必要なのか、PDFで送ったものを現地で印刷して保管すればよいのか、といった点について、企業や担当者ごとの解釈にブレがあったのです。
今回の完全移行の再確認は、これらの曖昧さを払拭するものです。EU側および日本側の当局が、PDFなどの電子媒体で作成・送付された申告文が正本としての効力を持ち、物理的な署名や紙の保管は必須ではない（あるいは推奨されない）という共通認識を決定的なものにしました。
自己申告制度における電子発給の定義とは
日EU・EPAにおける電子発給とは、商工会議所などの第三者機関がシステムからPDFを発行することではありません。輸出者自身のシステム（ERPやインボイス発行システム）から出力された、原産地申告文を含むPDFファイルそのものを指します。
つまり、システムから直接生成されたPDFファイルが原本であり、それをわざわざ紙に印刷してハンコを押し、再びスキャンしてPDF化する行為は、データの真正性を毀損する無駄なプロセスとして定義されます。
ハンコ不要の最終確定とそれが意味するリスク
今回の確認で最も重要なのは、署名の免除が実務標準になった点です。日EU・EPAの規定では、輸出者の署名は必須とされていませんが、慣習的に署名を求める輸入者もいました。
しかし、完全電子化の流れの中で、署名や押印といった物理的な証拠能力は相対的に低下します。その代わりに問われるのが、誰がそのデータを作成し、いつ送信したかというシステム上のログやプロセス管理です。ハンコという目に見える安心材料がなくなる分、データガバナンスの重要性が飛躍的に高まるのです。
企業が直面する新たな保存義務とデータ管理
紙が正本でなくなるということは、書類の保存方法についての考え方を根本から変える必要があります。
プリントアウトした瞬間にそれは原本ではなくなる
多くの企業でやりがちなミスが、電子メールで送ったPDFインボイス（申告文付き）を紙に印刷し、それをファイリングして5年間保存するという運用です。
電子帳簿保存法の観点からも、またEPAの事後調査（検認）の観点からも、電子的に作成・授受された書類は、電子データのまま保存することが原則です。紙に印刷されたものはあくまで写し（コピー）に過ぎず、検索機能やメタデータ（作成日時などの属性情報）が失われた劣化版の記録として扱われます。
したがって、今後の実務では、検認が入った際に、当時送信したPDFファイルそのものを即座に取り出せるデジタルアーカイブ体制が必須となります。
メール添付だけで終わらせない管理体制
PDFでの運用が標準化すると、担当者のメールボックスの中にだけ重要書類が残るという属人化のリスクが高まります。
担当者が退職したり、PCが故障したりすれば、原産地証明の証拠が消失することになります。完全電子化に対応するためには、輸出案件ごとにフォルダを作成し、相手に送付した最終版のPDFインボイス（申告文付き）を、組織として管理するサーバーやクラウドストレージに自動的に集約するワークフローを構築しなければなりません。
2026年以降の欧州向け輸出実務の鉄則
今回の日EU・EPAの電子化再確認を受けて、ビジネスマンが徹底すべきアクションは以下の3点です。
第一に、社内規定の改訂です。
原産地申告文への署名・押印プロセスを廃止し、システムから出力されたPDFをそのまま正本として扱うことを社内ルールとして明文化してください。これにより、在宅勤務や遠隔地からの出荷業務がスムーズになります。
第二に、輸入者との合意形成です。
EU側の輸入者に対し、今後は署名なしのPDFデータのみを送付することを通知し、それで通関に支障がないかを確認してください。EU側の税関もデジタル化進んでいますが、現地の通関業者が古い慣習に縛られている場合があるため、事前の握りが重要です。
第三に、デジタル原本の保存環境の整備です。
紙のバインダーを廃止し、電子データとして4年間（日本の規定では最長7年が推奨）確実に保存・検索できるシステム環境を整えてください。
まとめ
日EU・EPAにおける原産地証明の完全電子化は、ペーパーレスの利便性を享受できるチャンスであると同時に、データの管理責任がより厳格になることを意味します。
紙に頼る実務はもはやリスクでしかありません。PDFデータこそが唯一の正本であるという認識に切り替え、デジタル完結型の輸出業務フローを確立した企業だけが、将来の監査や検認にも動じない強固なコンプライアンス体制を築くことができるのです。
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